Eine qualitativ hochstehende Ausstellungs- und Vermittlungstätigkeit sowie der Weiterausbau der herausragenden Sammlung und der hauseigenen Bibliothek sind die Ziele des Cartoonmuseums Basel.

Das Cartoonmuseum Basel ist jedoch eine private Institution und bezieht keine Subventionen der öffentlichen Hand. Es wird von einer unselbstständigen Stiftung unter dem Dach der Christoph Merian Stiftung getragen. Diese bewirtschaftet das Stiftungsvermögen und bietet dem Museum Unterstützung im Backoffice-Bereich, kann aber keine finanziellen Zuschüsse leisten. Grundlage für das Betriebsbudget des Cartoonmuseums Basel bildet der Ertrag aus dem Stiftungsvermögen. Das Cartoonmuseum finanziert mehr als einen Drittel seiner Ausgaben über die Erträge aus dem Museumsbetrieb (Eintritte, Führungen, Museumsshop) sowie laufend zu akquirierenden Ausstellungsbeiträgen. Deshalb ist es angewiesen auf Beiträge aus dem Freundeskreis «Cartoon Circle» sowie auf Partnerschaften mit Institutionen und Firmen, die sich der satirischen Kunst verbunden fühlen. Mitglieder des Freundeskreises geniessen freien Eintritt und andere Vergünstigungen. Sponsor:innen profitieren vom Interesse eines breiten Publikums an einer populären Kunstform sowie von der internationalen Ausstrahlung eines schweizweit einzigartigen, sehr gut besuchten Hauses.